究明委員会が確保した公文書には、１９７８年に法務部長官の名義で「転向工作専門担当班の運営指針事項」をはじめ、「転向計画書の毎月作成および報告」、「頑強な非転向長期囚に対する転向技術を研究、開発し、成果を報告すること」など、転向工作の実態を立証する内容が記載されている。

　公文書にはまた、転向工作には中央情報部（現国家情報院）が緊密に関係していたという事実も記されており、同委員会では中央情報部の介入事実と共に、当時疑問死した長期囚たちの検死を受け持った捜査機関の隠ぺい疑惑も調査する計画だ。

　同委員会は同時に、非転向長期囚に対する強制転向工作に、収監中の組織暴力団員が動員された事実も、参考人の陳述を通して確保したことを明らかにした。